Письмо Минфина России от 06.10.2016 № 03-11-06/2/58338

По договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить по заданию другой стороны (заказчика) определённую работу и сдать её результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и оплатить его. Подрядчик вправе привлечь к исполнению своих обязательств других лиц (субподрядчиков). Генеральный подрядчик несёт перед заказчиком ответственность за последствия неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательств субподрядчиком. К доходам относятся доходы от реализации товаров (работ, услуг) и имущественных прав, а также внереализационные доходы.
Доходом организации-генподрядчика является вся сумма выручки, полученная от заказчика за выполненные по договору подряда работы, и при исчислении налога, уплачиваемого в связи с применением УСН, данная выручка учитывается в полном объёме в составе доходов на дату поступления на расчётный счёт.

Генеральный подрядчик потому и генеральный, что несёт перед заказчиком ответственность за все последствия неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательств субподрядчиками. Следовательно, доходом организации-генподрядчика является вся сумма выручки, полученная от заказчика за выполненные по договору подряда работы, и при исчислении «упрощённого» налога данная выручка учитывается в полном объёме в составе доходов на дату поступления на расчётный счёт.