Письмо ФНС России от 26.09.2016 № ЕД-4-2/17979

Праву налогоплательщика представить в налоговый орган уточнённую налоговую декларацию корреспондирует обязанность налогового органа принять эту декларацию и в установленный срок провести камеральную налоговую проверку. Никаких ограничений на проведение проверки уточнённой налоговой декларации, представленной по истечении трёхлетнего срока, Налоговый кодекс РФ не содержит. По результатам проверки руководителем налогового органа может быть вынесено решение о проведении дополнительных мероприятий налогового контроля, в том числе и повторной выездной налоговой проверки. При этом контролю подвергаются только те сведения уточнённой налоговой декларации, изменение которых повлекло уменьшение суммы ранее исчисленного налога.

Если правильность уменьшения ранее исчисленного налога подтверждена, в возврате переплаты будет отказано в силу пропуска трёхгодичного срока.

Предметом повторной выездной налоговой проверки, назначенной ввиду предоставления уточнённой декларации, в которой уменьшена сумма ранее исчисленного налога, являются только те сведения уточнённой декларации, изменение которых повлекло уменьшение суммы. При этом не могут быть повторно проверены данные, которые не изменялись либо не связаны с корректировкой. При отражении в карточке "Расчёты с бюджетом" уточнённых налоговых деклараций "к уменьшению" должен быть соблюден порядок приёма уточненных налоговых деклараций за периоды, по которым истёк срок исковой давности.

Если декларации поданы "к уменьшению" и принято решение об отказе в зачете (возврате) сумм излишне уплаченного налога, то в программном комплексе "Система ЭОД" такие декларации только регистрируются без создания строк начислений налога (сбора) в карточке.

В целом получается, что для налогоплательщика доказанное уменьшение налога по истечении трёх лет, принесёт ему лишь моральное удовлетворение.